En théorie, les pénalités de retard étant dues de plein droit, il n'est pas nécessaire de les facturer: votre client doit de lui-même calculer et régler ces pénalités lorsqu'il règle sa facture.
En pratique, si vous percevez ces pénalités, il est nécessaire de les comptabiliser et donc d'émettre une facture du montant des pénalités appliquées, afin que cette facture soit ensuite enregistrée en comptabilité. Le montant des pénalités se calcule sur le montant TTC de la facture si vous facturez avec TVA, ou bien sur le montant HT lorsque vous n'êtes pas soumis à la TVA, en appliquant le taux que vous avez indiqué à votre client, selon la formule suivante:
(montant de la facture x taux applicable) x (nombre de jours de retards/365)
Si vous gérez une entreprise soumise à la TVA, les pénalités sont exonérées de TVA. Enfin, cette facture est payable sans délai.
Pour plus d'informations sur ce sujet, vous pouvez consulter cet article de l'administration fiscale, ou bien contacter votre expert-comptable qui sera le mieux à même de vous conseiller sur ce sujet.